A m�sodik �vad elej�n megt�rt�nik a sz�k�s. Az FBI-os Kellerman azt kapja parancsba, hogy szedjen ki min�l t�bb inform�ci�t a menek�l�sben is seg�dkez� Sarab�l, majd ha v�gzett �lje meg. Lincoln helyzete tov�bb s�lyosbodik, miut�n valaki meg�li �gyv�dj�t, Veronicat. A k�t testv�r �gy hat�roz, lev�lnak a csapatr�l �s egy�tt folytatj�k tov�bb. V�g�l mindenki Utah fel� veszi az ir�nyt, hogy megszerezz�k Westmoreland ott rejtegetett 5 milli� doll�rj�t. A p�nzt v�g�l T-Bag szerzi meg, azonban ez�rt meg kell hogy �lje Gearyt. A gyilkoss�gk�rt m�gis Bellicket teszik felel�ss�, akit �jb�l bez�rnak a Fox Riverbe.

Id�k�zben Mahone lel�vi Apolskist �s Abruzzit, Haywire pedig saj�t kez�leg vett v�gett �let�nek. Az FBI-�gyn�k�t viszont zsarolja az egyik megb�z�ja, Bill Kim, hogy meg�li a csal�dj�t, ha nem v�gez a t�bbi menek�l�vel is.
Scofield �s Sucre elindulnak Mexik� fel�. �tban oda tal�lkoznak Scofield �s Lincoln apj�val. A f�rfit azonban id�k�zben meg�lik �s ez annyira megviseli Scofieldot, hogy Sucre egyed�l menek�l tov�bb. Machone a k�t fiv�rrel is v�gezni akar, �m megakad�lyozza �t ebben a mexik�i hat�rrend�szet, a testv�reket pedig letart�ztatj�k.

Surce bar�tn�j�hez menek�l, Kellerman pedig parancsba kapja Bill Kimt�l, hogy Mahonenal egy�tt a rabsz�ll�t�s sor�n v�gezzenek a fiv�rekkel. Kellerman �gy �rzi becsapt�k, ez�rt �tp�rtol a m�sik oldalra �s eljuttatja Scofield�kat a halottnak hit aleln�k b�tyj�hoz. A f�rfi azonban �ngyilkoss�got k�vet el.
Sarat nyugtalan�tja a Kellermannal val� egy�ttm�k�d�s. V�g�l elindulnak Chicag�ba, hogy megszerezz�k azt a r�gz�tett besz�lget�st az aleln�k �s b�tyja k�z�tt, ami tiszt�zhatn� Lincolnt a v�dak al�l.

Scofield �ppen tal�lkozna az aleln�kkel, de Bill Kim elfogja �s megk�nozza. �m a kihallgat�son megjelenik az aleln�k is �s elengedi a foglyot. A k�t testv�r Panam�ba menek�l, ahol tal�lkoznak T-Bag, Sucre, Bellick �s Mahone-nal.

Ek�zben Lincoln megtudja Sarat�l, hogy felmentett�k. Egy motorcs�nakon besz�lnek meg tal�lkoz�t, �m Bill Kim is megjelenik, hogy meg�lje Lincolnt. Sara viszont gyorsan reag�l �s meg�li Bill Kimet. Scofield, hogy mentse a n�t, mag�ra v�llalja a gyilkoss�got �s jelentkezik az illet�kes hat�s�gokn�l.